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GO分析(cytoscape)

1.下载安装软件

访问生信自学网或官方网站自行下载安装

note:软件路径地址需要英文路径,否则很难使用

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2.软件BiNGO的安装

打开cytoscape软件—点击Apps—Apps Manager—Install Apps—在搜索框内搜索BiNGO—点击选中中间框中的BiNGO—点击右下角的Install安装—关闭Apps Manager窗口

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3.打开BiNGO

选择Apps—点击安装的BiNGO,打开BiNGO界面watermark,type_d3F5LXplbmhlaQ,shadow_50,text_Q1NETiBAcHJvcGVw,size_20,color_FFFFFF,t_70,g_se,x_16

4.使用BiNGO进行GO分析

(1)在Cluster name中输入GO分析后产生的文件名称

(2)选中Paste genes from text,并在下面框中填入进行GO分析的基因名称

(3)在Choose a significance level填入显著性—0.05或者0.01

(4)在Select ontology file中填入进行GO分析的类别,细胞分析的是BP,CC和MF分析

(5)在Select organism/annotation中选择物种

(6)最后选中Save BiNGO data file in并填入生成文件的保存路径

5.最后使用Excel打开生成的文件就完成GO分析了,也可以利用表中数据进行绘图分析。或者,根据研究的功能在相应的功能中选取感兴趣的基因进行研究。

标签: big data

本文转载自: https://blog.csdn.net/d1234ghj/article/details/122877994
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