一文解决Windows系统上的R、Rtools、Rstudio的安装，镜像设置和BiocManager等R包的安装。

文章首发于简书b站，自己百度标题就能找到。这个教程我做得非常好，不仅安装好了R，Rtools，Rstudio，还设置了镜像，示范安装R包，把许多散乱的教程都统一起来了，R语言初学者值得一看。

前面的文章请看：

TBtools进行序列提取；基因家族的鉴定blast和hmmer；基于Windows系统的iqtree系统进化树；关于Windows系统上的java安装

R与Rstudio的安装。R语言是一种专门做数据分析的语言，是生物信息学常用的分析工具。Rstudio是能够方便展示R语言的一个平台软件。我们先安装R。

1，在这个网站上（https://cran.r-project.org/mirrors.html）选择中国清华的镜像网站（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/）

中国的镜像网站

Download R forWindows>base>Download R-4.2.2 for Windows

这一步有可能会因为网络问题报错，报错的话我们去北大的镜像看看，（https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/），选择（R-4.2.2-win.exe）下载。

北大的镜像网站

2，双击安装，我把它存在D盘，后面都是直接默认的下一步。

安装R

最后在桌面生成了一个R4.2.2的图标，打开它，这个就是R的标准界面了。

3，接下来安装Rtools，因为有些R包，需要这东西。在北大的镜像网站（https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/bin/windows/Rtools/rtools42/files/），因为我这个R版本是4.2，就选择rtools42-5355-5357.exe，下载后自行安装，这个环境变量是自动设置了，不必再像装JAVA那样自己设置环境变量。

其实到这里为止，R已经是可以使用了，但这个界面对很多人来说并不友好，Rstudio则可以使R变得更方便运行。

4，下面安装Rstudio（https://posit.co/download/rstudio-desktop/），下载是免费的，第二步install RStudio Desktop，点击下载。

Rstudio下载

5，双击安装，安装到自己指定的文件夹中，完成后，打开bin文件夹，里面有个rstudio.exe的程序，双击打开即可，三个窗口。左边的就是刚刚安装的R的窗口，是执行命令的窗口，右上角是看变量的窗口，右下角多功能窗口。

Rstudio的窗口

6，接下来我们设置一些镜像，为了以后下载R包的时候能顺利下载。首先在R的窗口，查看现在的镜像

options()$repos

查看当前镜像

我的第一个命令，有个报错，其他人不一定会报错的。说位置不对，虽然不影响，但那行红字很显眼，原因可能是我原本的C盘的文档我挪到了D盘了，且路径有中文，解决方法(https://www.bilibili.com/read/cv17005408)。

解决完了，目前的镜像就是官网，打开.Rprofile，前面有个点的别漏了。

file.edit(file.path("~",".Rprofile"))

写入两行代码：

options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/","http://mirrors.aliyun.com/CRAN"))

print("已设置北大阿里云镜像")

设置镜像

保存，再退出重进，再来看看当前镜像，options()$repos，变了，且开始的描述也多了那行字。有时候一些镜像可能会不好用，自己就去替换吧。

7，接下来安装各种R包，首先我们先安装一个BiocManager，在官网上看到BiocManager版本是3.16，是适合4.2版本的R的。

安装BiocManager

安装命令，直接复制粘贴上去就行

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))

install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(version = "3.16")

输入命令安装

偶尔会弹出个更新的，a更新全部就行。

8，安装R包的命令有2个，一个是用R自带的命令

install.packages("package_name")

另外一个就是通过刚刚安装的BiocManager安装

首先加载BiocManager

library(BiocManager)

再安装

BiocManager::install("package_name")

大家可以试着安装WGCNA，dplyr，ggplot2，limma，tidyverse，DESeq2等R包，有批量安装的命令

install.packages(c("package1","package2", "package3"))

BiocManager::install(c("package1","package2", "package3") )

下面做一个安装R包的示例，示范安装名为dplyr的R包：

install.packages("dplyr")

或者通过biocmanager安装，先加载biocmanager再安装dplyr

library(BiocManager)

BiocManager::install("dplyr")

安装时可能会加载各种各样的依赖包哦。

大家要思考每个代码的意思哦，有些代码是需要自行修改的，不可以单纯的复制粘贴，有时候报错了，也要看报错的信息，尝试百度自己解决。

那今天就完成了R、Rtools，Rstudio的安装，镜像设置和和BiocManager等R包的安装了。