python使用本地blast

python 利用Bio.Blast.Applications 完成类似命令行的本地blast

biopython中常用的blast，包括其说明书（链接）中都没有介绍如何建立本地数据库。

然而，由于我们在工作中可能会需要进行本地blast，并且利用本地建立的数据库作为使用。要从程序中跳出去，要求用户自己在cmd命令行中输入blast的语句，会显得程序十分不完善。

因此，博主查阅了很多方法，最终找到了一个最有效的调用库的方法。

本文将包含两种类型的思路（虽然只有第二个思路走通了，但是博主认为第一种方法更加灵活应变，今后也会努力寻找能走通的方式，一次完善本篇文章）：
1.使用os，直接写入命令行语句【失败】
2.调用方法【成功】

1.import os

这种方法博主参考了一下几篇博客：
python执行cmd命令用Python从FASTA生成Blast数据库python command line 包_python – 使用NcbiblastxCommandline自定义blast d…Python中执行系统命令的四种方法windows 下 python 连续执行 cmd 命令(多行)
主要尝试包括了：
i.逐行输入cmd命令
ii.统一写为一大段命令
iii.使用os.system
iv.使用os.popen

尝试代码如下：

import os
'''一大段命令一起执行【失败】'''
mingling ='E: & \ cd testdb & \ makeblastdb -in not_hit_file.fasta -dbtype nucl & \ blastn -query need_blast.fasta -db not_hit_file.fasta -out need_blast.txt -outfmt 6''''尝试不切换文件夹直接使用ncbi安装目录下的bin目录进行执行【失败】'''
mingling ='C:/Program Files/NCBI/blast-2.11.0+/bin/blast_formatter.exe -in E:/testdb/not_hit_file.fasta -dbtype nucl'

以上方法执行完毕之后没有文件夹中没有任何反应。期待大佬提点。

2.from Bio.Blast.Applications import NcbimakeblastdbCommandline

这部分博主参考了以下文章：
将blast等工具的命令行写入到biopython的代码脚本中怎么用python实现序列比对_序列比对在biopython中的处理利用Biopython在线或者在本地环境运行blast
这几篇文章中都各自涉及了博主需要的一部分，并且第一篇文章在import时打错字了。但是根据本地blast的命令，可以猜到本来需要import什么库。
首先本地blast建库，引用方式如下：

from Bio.Blast.Applications import NcbimakeblastdbCommandline

然后，博主要blast的是核酸序列因此引用方式如下：

from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline

如果是想要使用其他blast，如blastp，blastx，根据博主阅读的几篇文章（以及瞎改的经验），应该是把博主引用中blast后面的字母改一下就行了hhh。
之后就是执行命令的代码：

makedb = NcbimakeblastdbCommandline(dbtype ='nucl',input_file ='E:/testdb/not_hit_file.fasta',out ='E:/testdb/not_hit_file.fasta')
stdout,stderr = makedb()
blastn = NcbiblastnCommandline(query ='E:/testdb/need_blast.fasta', db ='E:/testdb/not_hit_file.fasta',outfmt =6, out ='E:/testdb/need_blast.txt')
stdout,stderr = blastn()

然后就成功得到比对结果啦!

对于命令中传入的参数，博主还没有找到这个库的说明书网页，但是基本上可以根据本地blast命令行中的参数进行尝试，如果失败了，就删改以下试试，比如使用首字母或使用常用简称等。如果米娜桑找到了说明书网页，如果可以评论区给博主那就太好啦~~