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二进制数据格式
实现数据的高效二进制格式存储最简单的办法之一是使用Python内置的pickle序列化。
Python 的 pickle 模块是一个用于序列化和反序列化 Python 对象结构的模块。它允许你将 Python 的任何对象转换为字节流,这样你就可以将这些对象存储在文件中,或者通过网络传输。同样,pickle 也可以用来从字节流中恢复出原来的对象。
pickle模块非常强大,它能够处理几乎所有的 Python 数据类型,包括但不限于列表、字典、类实例等。但是,使用 pickle时需要注意安全性问题,因为反序列化恶意构造的数据可能会执行不安全的代码。因此,通常不建议在不信任的数据源上使用 pickle。如果需要在不安全的环境中使用序列化,可以考虑使用 json模块,尽管 json 模块只能序列化基本的数据类型。
pandas对象都有一个用于将数据以pickle格式保存到磁盘上的to_pickle方法:
In [87]: frame = pd.read_csv('examples/ex1.csv')
In [88]: frame
Out[88]:
a b c d message
0 1 2 3 4 hello
1 5 6 7 8 world
2 9 10 11 12 foo
In [89]: frame.to_pickle('examples/frame_pickle')
你可以通过pickle直接读取被pickle化的数据,或是使用更为方便的pandas.read_pickle:
In [90]: pd.read_pickle('examples/frame_pickle')
Out[90]:
a b c d message
0 1 2 3 4 hello
1 5 6 7 8 world
2 9 10 11 12 foo
使用HDF5
HDF5是一种存储大规模科学数组数据的非常好的文件格式。它可以被作为C标准库,带有许多语言的接口,如Java、Python和MATLAB等。HDF5中的HDF指的是层次型数据格式(hierarchical data format)。每个HDF5文件都含有一个文件系统式的节点结构,它使你能够存储多个数据集并支持元数据。与其他简单格式相比,HDF5支持多种压缩器的即时压缩,还能更高效地存储重复模式数据。对于那些非常大的无法直接放入内存的数据集,HDF5就是不错的选择,因为它可以高效地分块读写。
虽然可以用PyTables或h5py库直接访问HDF5文件,pandas提供了更为高级的接口,可以简化存储Series和DataFrame对象。HDFStore类可以像字典一样,处理低级的细节:
In [92]: frame = pd.DataFrame({'a': np.random.randn(100)})
In [93]: store = pd.HDFStore('mydata.h5')
In [94]: store['obj1'] = frame
In [95]: store['obj1_col'] = frame['a']
In [96]: store
Out[96]:
<class 'pandas.io.pytables.HDFStore'>
File path: mydata.h5
/obj1 frame (shape->[100,1])
/obj1_col series (shape->[100])
/obj2 frame_table (typ->appendable,nrows->100,ncols->1,indexers->
[index])
/obj3 frame_table (typ->appendable,nrows->100,ncols->1,indexers->
[index])
HDF5文件中的对象可以通过与字典一样的API进行获取:
In [97]: store['obj1']
Out[97]:
a
0 -0.204708
1 0.478943
2 -0.519439
3 -0.555730
4 1.965781
.. ...
95 0.795253
96 0.118110
97 -0.748532
98 0.584970
99 0.152677
[100 rows x 1 columns]
HDFStore支持两种存储模式,’fixed’和’table’。后者通常会更慢,但是支持使用特殊语法进行查询操作:
In [98]: store.put('obj2', frame, format='table')
In [99]: store.select('obj2', where=['index >= 10 and index <= 15'])
Out[99]:
a
10 1.007189
11 -1.296221
12 0.274992
13 0.228913
14 1.352917
15 0.886429
In [100]: store.close()
put是store[‘obj2’] = frame方法的显示版本,允许我们设置其它的选项,比如格式。
pandas.read_hdf函数可以快捷使用这些工具:
In [101]: frame.to_hdf('mydata.h5', 'obj3', format='table')
In [102]: pd.read_hdf('mydata.h5', 'obj3', where=['index < 5'])
Out[102]:
a
0 -0.204708
1 0.478943
2 -0.519439
3 -0.555730
4 1.965781
读取Microsoft Excel文件
pandas的ExcelFile类或pandas.read_excel函数支持读取存储在Excel 2003(或更高版本)中的表格型数据。这两个工具分别使用扩展包xlrd和openpyxl读取XLS和XLSX文件。你可以用pip或conda安装它们。
要使用ExcelFile,通过传递xls或xlsx路径创建一个实例:
In [104]: xlsx = pd.ExcelFile('examples/ex1.xlsx')
存储在表单中的数据可以read_excel读取到DataFrame:
In [105]: pd.read_excel(xlsx, 'Sheet1')
Out[105]:
a b c d message
0 1 2 3 4 hello
1 5 6 7 8 world
2 9 10 11 12 foo
如果要读取一个文件中的多个表单,创建ExcelFile会更快,但你也可以将文件名传递到pandas.read_excel:
In [106]: frame = pd.read_excel('examples/ex1.xlsx', 'Sheet1')
In [107]: frame
Out[107]:
a b c d message
0 1 2 3 4 hello
1 5 6 7 8 world
2 9 10 11 12 foo
如果要将pandas数据写入为Excel格式,你必须首先创建一个ExcelWriter,然后使用pandas对象的to_excel方法将数据写入到其中:
In [108]: writer = pd.ExcelWriter('examples/ex2.xlsx')
In [109]: frame.to_excel(writer, 'Sheet1')
In [110]: writer.save()
你还可以不使用ExcelWriter,而是传递文件的路径到to_excel:
In [111]: frame.to_excel('examples/ex2.xlsx')
Web APIs交互
为了搜索最新的30个GitHub上的pandas主题,我们可以发一个HTTP GET请求,使用requests扩展库:
In [113]: import requests
In [114]: url = 'https://api.github.com/repos/pandas-dev/pandas/issues'
In [115]: resp = requests.get(url)
In [116]: resp
Out[116]: <Response [200]>
响应对象的json方法会返回一个包含被解析过的JSON字典,加载到一个Python对象中:
In [117]: data = resp.json()
In [118]: data[0]['title']
Out[118]: 'Period does not round down for frequencies less that 1 hour'
data中的每个元素都是一个包含所有GitHub主题页数据(不包含评论)的字典。我们可以直接传递数据到DataFrame,并提取感兴趣的字段:
In [119]: issues = pd.DataFrame(data, columns=['number', 'title',
.....: 'labels', 'state'])
In [120]: issues
Out[120]:
number title \
0 17666 Period does not round down for frequencies les...
1 17665 DOC: improve docstring of function where
2 17664 COMPAT: skip 32-bit test on int repr
3 17662 implement Delegator class
4 17654 BUG: Fix series rename called with str alterin...
.. ... ...
25 17603 BUG: Correctly localize naive datetime strings...
26 17599 core.dtypes.generic --> cython
27 17596 Merge cdate_range functionality into bdate_range
28 17587 Time Grouper bug fix when applied for list gro...
29 17583 BUG: fix tz-aware DatetimeIndex + TimedeltaInd...
labels state
0 [] open
1 [{'id': 134699, 'url': 'https://api.github.com... open
2 [{'id': 563047854, 'url': 'https://api.github.... open
3 [] open
4 [{'id': 76811, 'url': 'https://api.github.com/... open
.. ... ...
25 [{'id': 76811, 'url': 'https://api.github.com/... open
26 [{'id': 49094459, 'url': 'https://api.github.c... open
27 [{'id': 35818298, 'url': 'https://api.github.c... open
28 [{'id': 233160, 'url': 'https://api.github.com... open
29 [{'id': 76811, 'url': 'https://api.github.com/... open
[30 rows x 4 columns]
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