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1. 关于Perl
Perl是一个高级的、动态的解释型脚本语言，它的设计借鉴了C、Shell、awk和sed。Perl最重要的特性是它内部集成了正则表达式的功能，以及巨大的第三方代码库CPAN。Perl像C一样强大，同时像awk、sed等脚本语言一样富有表达性。Perl常见于系统管理和文件处理等程序，Perl多数情况下属于Web方案中的胶水语言。
Perl最初的设计者为拉里·沃尔（Larry Wall），于1987年12月18日发表。现在的版本为Perl 6，于2015年12月25日更新。
Perl借取了C、sed、awk、shell 脚本语言以及很多其他程序语言的特性，其中最重要的特性是它内部集成了正则表达式的功能，以及巨大的第三方代码库CPAN。简而言之，Perl像C一样强大，像awk、sed等脚本描述语言一样方便，被Perl语言爱好者称之为“一种拥有各种语言功能的梦幻脚本语言”、“Unix 中的王牌工具”。
Perl 一般被称为“实用报表提取语言”（Practical Extraction and Report Language），你也可能看到“perl”，所有的字母都是小写的。一般，“Perl”，有大写的 P，是指语言本身，而“perl”，小写的 p，是指程序运行解释器。
Perl最重要的就是它的文本处理能力， 而早期生物信息学的本质就是序列分析，所以“确认过眼神，我遇见对的人”，Perl成了生物信息必学语言
2. Perl的安装及基础用法
Perl语言在Linux系统以及其他类Unix系统，比如说MacOS里都是内置的，所以不需要额外安装，而在Windows系统中则需要额外下载，下载站点当然是官方的<www.perl.org>
很多系统平台上已经默认安装了 perl，我们可以通过以下命令来查看是否已安装：
$ perl -v
This is perl 5, version 18, subversion 2 (v5.18.2) built for darwin-thread-multi-2level
(with 2 registered patches, see perl -V for more detail)
Copyright 1987-2013, Larry Wall
……
大部分的教程都是让大家写一个Perl脚本，
举例1：比如说hello.pl,代码如下
#!/usr/bin/env perl
print "hello world \n"
然后用
perl hello.perl
执行。当然最快的方法还是用Perl的一行命令, 如下所示。
perl -e 'print "hello world"'
举例2：我们将以下代码放到 hello.pl 文件中：
#!/usr/bin/perl
# 输出 "Hello, World"
print "Hello, world\n";
代码中 /usr/bin/perl 是 perl 解释器的路径。在执行该脚本前要先确保文件有可执行权限，我们可以先将文件权限修改为 0755 ：
$ chmod 0755 hello.pl
$ ./hello.pl
Hello, world # 输出结果
print 也可以使用括号来输出字符串，以下两个语句输出相同的结果：
print("Hello, world\n");
print "Hello, world\n";
3. Perl POD 文档
什么是 POD？
Pod(Plain Old Documentation), 是一种简单而易用的标记型语言（置标语言），它经常用于在perl程序和模块中的文档书写。
Pod 的 转化器可以将 Pod 转换成很多种格式，例如 text, html, man 等很多。
Pod 标记语言包含三种基本基本类型： 普通, 原文, 和 命令。
- 普通段落: 你可以在普通段落中使用格式化代码，如黑体，斜体，或代码风格，下划线等。
- 原文段落: 原文段落，用于代码块或者其他不需要转换器处理的部分，而且不需要段落重排。
- 命令段落: 命令段落作用于整个的文档，通常用于标题设置或列表标记。所有的命令段落（他只有一行的长度）使用 "=" 开始，然后是一个标识符。 随后的文本将被这条命令所影响。现在被广泛使用的命令包括
=pod (开始文档)
=head1 标题文本
=head2 标题文本
=head3 标题文本
=head4 标题文本
=over 缩进空格数量
=item 前缀
=back (结束列表)
=begin 文档格式
=end 结束文档格式
=for 格式文本
=encoding 编码类型
=cut (文档结束)
在perl中，可以使用 pod2html .pod >.html 来生成html格式的pod文档。
考虑以下 POD 实例：
=begin html
=encoding utf-8
=head1 小鹏linux
=cut
Perl 中可以在模块或脚本中嵌入 POD（Plain Old Documentation） 文档。
POD 是一种简单而易用的标记型语言（置标语言）。
POD 文档使用规则：
POD 文档以 =head1 开始， =cut 结束， =head1 前与 =cut 后添加一空行。
Perl 会忽略 POD 中的文档。实例如下：
#!/usr/bin/perl
print "Hello, World\n";
=head1 Hello, World 实例
这是一个 Perl 的简单实例。
=cut
print "Hello, Runoob\n";
执行以上程序，输出结果为：
Hello, World
Hello, Runoob
4. 在Docker中部署Perl
可以使用Docker官方的Perl镜像作为基础，在此之上进行必要的定制。
第一步，下载官方的Perl镜像：
$ docker pull perl
如果大家对Perl的版本有要求，可以在以上命令中加入Tag标签，以便于在下一步的Dockerfile的FROM指令中明确Perl版本号。官方镜像都有明确的标签信息。
第二步，在Perl项目中新建Dockerfile：
FROM perl:5.20
COPY . /usr/src/myapp
WORKDIR /usr/src/myapp
CMD [ "perl", "./perl-sample.pl" ]
新建perl-sample.pl文件：
#!/usr/bin/perl
print "Hello, World!\n";
第三步，通过此Dockerfile，构建自定义的镜像：
$ docker build -t perl-image .
构建成功后，用户可以通过docker images查看：
$ docker images
REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED VIRTUAL SIZE
perl-image latest bc28eba086ad About a minute ago 654.9 MB
最后，创建容器并运行：
$ docker run -it --rm --name perl-container perl-image
Hello, World!
如果大家只需要运行单个的Perl脚本，那么无需使用Dockerfile构建自定义镜像，而是通过以下命令直接使用官方Perl镜像，带参数运行容 器：
$ docker run -it --rm --name perl-container -v "$(pwd)":/usr/src/myapp -w /usr/src/myapp perl:5.20 perl perl-sample.pl
Hello, World!
如果大家需要运行Perl的Web项目，则最好先自建内置SSH服务的镜 像，然后以此为基础定制Perl容器，这样可以方便地通过SSH服务访问Perl容器。
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