RStudio Git GitHub配合使用

RStudio Git GitHub配合使用

前言

GitHub是基于git实现的代码托管。git是目前最好用的版本控制系统了，非常受欢迎，比之svn更好。
GitHub可以免费使用，并且快速稳定。即使是付费帐户，每个月不超过10美刀的费用也非常便宜。
利用GitHub，你可以将项目存档，与其他人分享交流，并让其他开发者帮助你一起完成这个项目。优点在于，他支持多人共同完成一个项目，因此你们可以在同一页面对话交流。
创建自己的项目，并备份，代码不需要保存在本地或者服务器，GitHub做得非常理想。
学习Git也有很多好处。他被视为一个预先维护过程，你可以按自己的需要恢复、提交出现问题,或者您需要恢复任何形式的代码，可以避免很多麻烦。Git最好的特性之一是能够跟踪错误，这让使用Github变得更加简单。Bugs可以公开，你可以通过Github评论，提交错误。
在GitHub页面，你可以直接开始，而不需要设置主机或者DNS。

一、创建github repository(仓库)

1 登录github

github的官方网址：https://github.com ，如果没有账号，赶紧注册一个。点击Sign in进入登录界面，输入账号和密码登入github。

国内访问不流畅的问题解决方法如下：
1.1 浏览器油猴插件 （Edge/Chrome）；
谷歌浏览器插件安装除了使用魔法，也可以从网站极简插件上下载，然后安装，无论是哪种浏览器都需要开启开发人员模式: 从GreasyFork (油叉)中搜索GitHub加速等，直接安装即可，我本人使用的是第二个Github 增强 - 高速下确保安装成功，即可直接在浏览器中直接访问Github网站。
1.2 使用FastGithub
原网址是这个：Release 2.1.4 · dotnetcore/FastGithub
但是考虑到 在没有FastGithub的情况下进入网站具有一定的随机性，并且下载速度很慢，可以访问这个国内网址：https://gitee.com/XingYuan55/FastGithub/releases/tag/2.1.4
也非常感谢授课老师的资源分享

安装解压后，进入UI界面即可，如果出现访问失败等，可以尝试重启软件和浏览器，
如果还是连接失败，可以尝试清楚本地SSL缓存

二、 安装git客户端

2.1客户端下载

官方下载地址：http://git-scm.com/download/ 根据你自己的系统 下载对应版本。
官方下载速度会很慢，国内可以从阿里镜像下载：https://registry.npmmirror.com/binary.html?path=git-for-windows/

2.2客户端安装

1. 开始安装吧，欢迎界面，下一步。
2. 选择安装组件，按默认的来就好了。 √ Additional icons On the Desktop:桌面添加图标 √ Windows Explorer integration Git Bash Here/Git GUI here:在windows资源管理器里集成Git Bash和Git GUI √ Git LFS（Large File Support）:Git大文件支持 √ Associate .git* configuration files with the default text editor:将 .git* 配置文件与默认文本编辑器关联 √ Associate .sh files to be run with Bash:关联要与 Bash 运行的 .sh 文件 √ Check daily for Git for Windows updates:每日检查Windows版本的Git更新 √ (NEW!)Add a Git Bash Profile to Windows Terminal:将Git Bash的配置文件添加在Windows终端中的配置文件中（这是2.34.1版本新增的功能，省去了自己额外单独添加），勾选后，效果如下 √ (NEW!) Scalar (Git add-on to manage large-scale repositories):引入微软创建的仓库管理工具 Scalar—— 用于处理巨型 Git 仓库。需要的同学可以自行了解并勾选，我这里勾选

2.3配置git默认编辑器

选择Git使用的默认编辑器是指设置Git在执行某些需要打开编辑器的操作时，默认使用的文本编辑器。这些操作包括编写提交消息、解决合并冲突等。
默认的是vim编辑器，熟悉一点命令就会操作，没有notepad之类的简单，但是也不难，使用默认的vim即可；
如果要使用其他的编辑器也可以切换，但是可能需要配置一下环境啥的，具体的可以百度下；我使用的Vscode

2.4初始化项目主干名称

这个都可以，自己知道是哪个就行，默认是master

2.5调整git的环境变量

“Use Git from Git Bash only”（仅使用Git Bash中的Git）： 这是最谨慎的选择，因为它不会修改你的系统环境变量（PATH）。你只能在Git Bash中使用Git命令行工具。

“Git from the command line and also from 3rd-party software”（从命令行和第三方软件中使用Git）： 这是推荐的选项，它会将一些最基本的Git包装器添加到你的系统环境变量（PATH），以避免在环境中混乱地添加可选的Unix工具。你将能够从Git Bash、命令提示符和Windows PowerShell中使用Git，并且可以在PATH中寻找Git的任何第三方软件。

“Use Git and optional Unix tools from the Command Prompt”（从命令提示符中使用Git和可选的Unix工具）： 这个选项会将Git和可选的Unix工具都添加到你的系统环境变量（PATH）中。需要注意的是，这将覆盖Windows中的一些工具（如"find"和"sort"）。只有当你完全理解这些影响并愿意接受时，才应选择这个选项。
根据你的需求和对系统环境变量的了解，选择合适的选项进行安装。如果你不确定该选择哪个选项，推荐选择第二个选项，因为它提供了最大的灵活性，并且能够在多个环境中使用Git。

2.6选择SSH可执行文件

一般也是默认的即可
“Use bundled OpenSSH”（使用捆绑的OpenSSH）： 这个选项使用Git自带的ssh.exe。Git将会安装自己的OpenSSH（以及相关的二进制文件），并使用它们。
“Use external OpenSSH”（使用外部OpenSSH）： 这是一个新选项！这个选项使用外部的ssh.exe。Git不会安装自己的OpenSSH（和相关的二进制文件），而是使用在系统环境变量PATH中找到的OpenSSH。

2.7选择HTTPS后端传输

一般也是使用默认即可
使用OpenSSL库： 选择此选项将指示Git使用OpenSSL库来处理HTTPS连接。OpenSSL是一种广泛使用的开源SSL/TLS库，提供了安全的加密和身份验证功能。选择此选项后，Git将使用预配置的ca-bundle.crt文件来验证服务器证书。这个文件中包含了受信任的根证书，用于验证远程服务器的证书是否有效和可信任。
使用本机Windows Secure Channel库： 选择此选项将指示Git使用Windows本地的Secure Channel库来处理HTTPS连接。这个库是Windows操作系统提供的默认SSL/TLS实现，能够与Windows证书存储一起工作。选择此选项后，Git将使用Windows证书存储来验证服务器证书。这意味着Git将使用操作系统中的证书管理机制，例如Windows证书管理器和Active Directory域服务，来验证远程服务器的证书。此选项还允许您使用公司内部的根CA证书，例如通过Active Directory域服务分发的证书。
选择合适的HTTPS传输后端取决于您的操作系统和环境要求。

2.8配置行尾转换

默认即可

2.9配置Git Bash使用的终端

推荐选择第一个，有同学喜欢使用第二个win自带的cmd命令窗口，该终端功能相对有限，默认的滚动回退（scroll-back）功能有限，需要配置Unicode字体才能正确显示非ASCII字符等

2.10默认git pull功能

默认情况下，‘git pull’ 的行为取决于 git 配置中的 merge.default 参数。通常有以下三个选项可供选择：
**Default (fast forward or merge)**： 这是’git pull’ 的标准行为：如果可能，将当前分支快进到被拉取的分支，否则创建一个合并提交。
Rebase： 将当前分支变基到被拉取的分支上。如果没有本地提交需要变基，则相当于快进操作。
Only ever fast-forward： 只进行快进操作，将当前分支快进到被拉取的分支。如果不可行，则操作失败。
默认情况下，大多数 git 库配置为执行 Default（fast forward or merge）行为。这意味着在 ‘git pull’ 命令时，Git会尝试使用快进操作将当前分支更新到已拉取分支的最新状态。如果无法进行快进操作，例如存在冲突，Git将创建一个合并提交。

2.11 选择凭证助手

凭证助手用于管理和存储您在与远程代码库进行身份验证时使用的凭据，例如用户名和密码。这里默认即可，如果您想要每次都输入凭证或者使用其他凭证，可以选择第二项

2.12 配置额外选项

默认选择即可
根据提供的选项，有两个额外功能可以配置：

启用文件系统缓存： 通过将 “core.fscache” 设置为 “true”，文件系统数据将被批量读取并缓存到内存中，以用于某些操作。这将显著提高性能。启用文件系统缓存可以加快某些 Git 操作的速度，特别是对于频繁访问文件系统的操作。注意，现有的代码库不受此设置的影响。
启用符号链接： 启用符号链接功能需要具备 “SeCreateSymbolicLink” 权限。启用符号链接功能后，您可以在 Git 仓库中创建和使用符号链接（也称为软连接）。符号链接可以在文件系统中指向其他文件或目录，类似于快捷方式。请注意，此设置对现有的代码库没有影响，只会影响新创建的仓库。

选择是否启用这些功能取决于您的需求和操作环境。如果您希望改善某些操作的性能，并且具备适当的权限，则可以启用文件系统缓存和符号链接功能。
如果后面需要使用这些功能，使用以下命令可以开启

git config --global core.fscache true# 启用文件系统缓存git config --global core.symlinks true# 启用符号链接

2.13 配置实验选项

直接跳过即可，进入到下一步安装

2.14 安装成功

最后安装界面的两个选项都不需要勾选

2.15 配置git

确保git可以链接到您的Github，请打开git,输入命令

git config --global  user.name "这里换上你的用户名"git config --global user.email "这里换上你的邮箱"

三、RStudio Git GitHub配置使用

1 在RStudio中创建一个git项目

这一步可以直接在RStudio中操作，但是建议自己熟悉git命令，使用命令操作

进入之后，创建git项目，到达如下窗口

然后打开属于你的Github仓库，填入对应的URL即可，项目名称随意命名，尽量不要用中文，Browser选项是链接到本地仓库，可以使用已经创建的，也可以新创建一个本地仓库文件夹

完成后如下：

接下来Create Project即可，这里可能会出现创建失误的问题
一般牵扯到ssl的问题，可以在git中执行以下命令,这是因为SSL安全验证问题，不能获取到本地的证书。这里咱们通过不验证SSL证书方式解决

git config --global http.sslVerify false

2 在RStudio配置git选项，查看SSH Key 这个Key在我们后续的步骤中会用到。

Tools —>Global Options—>Git/SVN

进入create SSLKey

3 用ssh密钥远程链接到github

首先，点击右侧头像，找到settings选项

然后，在settings中找到SSH and GPG keys选项，创建一个新的SSH key文件，

将刚才在RStudio中复制的SSH key粘贴下来，名字随便，自己记得就好，如下
Add SSH key即可创建成功

4 配置token

这一步会影响代码的提交，依次运行以下R代码

#生成token的简单方法
install.packages("usethis")
library(usethis)
git_sitrep()#跳转到github生成token
usethis::create_github_token()#接下来将上一步生成的token,传给RStudio
gitcreds::gitcreds_set()

倒数第二步会跳转到github，请确保加速器正常开启，我这里已经生成过了，第一次生成需要手动生成，Generate token；复制生成的token

这个页面，您可以根据自己的需要勾选需要的仓库功能
执行最后一行代码,在RStudio命令窗口中输入token即可

四、搭配使用，代码同步

1 编写代码

创建一个代码文件，编写完成后，勾选文件，点击commit,进行提交

然后，在跳出的页面中，先点击commit，然后push,commit message中可以填写一点记录，确保创建成功；然后就可以在您的github仓库中看到上传的代码文件

2 代码更新

直接在代码中修改，该步骤和编写代码步骤一样，出现 >> 符号，即为更新成功

Github上传完成

完美！
到这里恭喜你，你已经熟练的掌握了github与RStudio的配合使用，
注：Pycharm配置方法类似
[1]:https://happygitwithr.com/ssh-keys#provide-public-key-to-github
[2]: https://blog.jiumoz.com/archives/git-an-zhuang-xiang-jie
[3]:https://blog.csdn.net/lqlqlq007/article/details/78983879
[4]: https://zhuanlan.zhihu.com/p/30335806
[5]:https://zhuanlan.zhihu.com/p/35804160
[6]:https://blog.csdn.net/mukes/article/details/115693833